Всяка година ФМИ се включва активно във всички сесии за финансиране на научни проекти, обявени към МОН-ФНИ, МОН-СФ и други финансиращи организации. Връзки към някои от последните такива по-големи проекти:
- „Софийският университет - Маркер за иновации и технологичен трансфер (SUMMIT)", договор № BG-RRP-2.004-0008
- Национална научна програмата "Повишаване на изследователския капацитет в областта на математическите науки (ПИКОМ)"
- Национална научна програма "Електронно здравеопазване в България" (е-здраве)
- Изграден е център за върхови постижения Университети за Наука, Информатика и Технологии в е-обществото (УНИТе) по проект BG05M2OP001-1.001-0004 УНИТе (Университети за Наука, Информатика и Технологии в еобществото) се финансира по Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“ (ОП НОИР), приоритетна ос 1 „Научни изследвания и технологично развитие“, процедура BG05M2OP001-1.001 „Изграждане и развитие на центрове за върхови постижения“, Компонент 2 „Информатика и Информационни и комуникационни технологии“.
- Докторантски Център "Свети Климент Охридски" (ДокЦент)
- Студентски практики
- "Формиране на нова генерация от изследователи в областта на математиката, информатиката и компютърните науки чрез подкрепа на творческия и иновативен потенциал на докторанти, постодокторанти и млади учени във Факултета по математика и информатика на Софийски Университет “Св. Климент Охридски”", период 2012-2014 г., по договор № BG051PO001-3.3.06-0052с МОН с финансовата подкрепа на Оперативна програма „Развитие на човешките ресурси“, съфинансирана от Европейския социален фонд на Европейския съюз.
- "Разработване на програми за електронни форми на дистанционно обучение във Факултет по математика и информатика", договор № BG051PO001-4.3.04-0018. Проектът се осъществява с финансовата подкрепа на Оперативна програма „Развитие на човешките ресурси”, съфинансирана от Европейския социален фонд на Европейския съюз. Финансовата помощ е в размер на 627 609,14 лв. Началото на проекта е 26 октомври 2012 г., а продължителността е 24 месеца.