Всяка година ФМИ се включва активно във всички сесии за финансиране на научни проекти, обявени към МОН-ФНИ, МОН-СФ и други финансиращи организации. Връзки към някои от последните такива по-големи проекти:
- National Scientific Program "Electronic Health in Bulgaria" (e-health)
- Universities for ScieNce, Informatics and Technologies in the e-Society (UNITe)
- Doctoral Centre “St. Kliment Ohridski” (DocCent)
- Студентски практики
- "Формиране на нова генерация от изследователи в областта на математиката, информатиката и компютърните науки чрез подкрепа на творческия и иновативен потенциал на докторанти, постодокторанти и млади учени във Факултета по математика и информатика на Софийски Университет “Св. Климент Охридски”", период 2012-2014 г., по договор № BG051PO001-3.3.06-0052с МОН с финансовата подкрепа на Оперативна програма „Развитие на човешките ресурси“, съфинансирана от Европейския социален фонд на Европейския съюз.
- "Разработване на програми за електронни форми на дистанционно обучение във Факултет по математика и информатика", договор № BG051PO001-4.3.04-0018. Проектът се осъществява с финансовата подкрепа на Оперативна програма „Развитие на човешките ресурси”, съфинансирана от Европейския социален фонд на Европейския съюз. Финансовата помощ е в размер на 627 609,14 лв. Началото на проекта е 26 октомври 2012 г., а продължителността е 24 месеца.