Към ФМИ функционират няколко специализирани лаборатории към отделните катедри, а именно:
- Лаборатория „Математическо моделиране в икономиката“
- Статистическа лаборатория СТАТЛАБ
- Лаборатория по интерактивна мултимедия към катедра „Компютърна информатика“
- Научноизследователска лаборатория по информационни технологии (НИЛИТ) към катедра „Компютърна информатика“
- Лаборатория по мехатроника и роботика, към катедра „Мехатроника, роботика и механика“
- Лаборатория по технологично предприемачество и иновации в информационните технологии към катедра „Софтуерни технологии“
- Лаборатория „Интернет на нещата“ към катедра „Компютърна информатика“
- Лаборатория по мехатроника и роботика